Защитените територии в България са разделение по категории – национален и природен парк, резерват, поддържан резерват, защитена местност и природна забележителност. В Пирин Планина също са обособени няколко защитени територии – Национален парк “Пирин”, биосверен резерват “Баюви дупки – Джинджирица”, както и резерватите Юлен, Ореляк и Тисата. Основната им идея е да се опази уникалността на ландшафта в Пирин.
Резерват Баюви дупки - Джинджирица

Резерват “Баюви дупки – Джинджирица” е създаден през 1934г. с постановление №1388 на МЗДИ. Разширяван е два пъти през 1976 и през 1980г. През 1977г. е включен в листата на биосферните резервати към програмата на ЮНЕСКО – Човек и биосфера.
Разположен е между върховете “Пирин” и “Бански суходол” и е с площ от 2873 хектара. На територията му се намират циркусите Баюви дупки, Каменитица, Разложки суходол, вр. Окаден, Даутов връх, Сегмен тепе, м. Конярника и долината на Бяла река.
Растителността е изключително разнообразна и включва над 500 вида растения и ендемити, както и много видове, включени в Червената книга на България.
В резервата са забранени абсолютно всякакви дейности, с изключение на посещения с научна цел, както и преминаването по международния маршрут Е4 (с или без водач).
Препоръчително е да се съобразяваш с информационните табели за безопасност, както и да въздържаш от всякакво посегателство над растения, животни и птици.
Резерват Юлен

Резерват “Юлен” е създаден на през август 1994 година със заповед РД-223 на Министерството на околната среда. Площта му е 3156,2 хектара и попада изцяло на територията на НП “Пирин”. Основната идея за създаването на резервата е да се опазят горите, както и застрашените животински и растителни видове върху скалите в субалпийския и алпийския слой.
Територията на резервата е разположена от 1650 до 2851 м. надморска височина. Силно изразено е присъствието на скали – гранитни, гранитогнайсни и кристално шистови. Голяма част от тях, образувани през вековете.
На територията на резерват “Юлен” се намират и няколко езера. Това са Полежанските, Стражишките, Василашките, Типитцките и Десилишките езера. Както и няколко единични водоема, придружени от малки планински поточета.
Гористата растителност в района е представена от бяла мура, смърч, ела, бял бор и клек. Паралелно с тях са регистрирани и над 700 вида други растения. Голяма част от тях, 44 вида, са включени в Червената книга на България. Едни от най-интересните видове са планинският божур, нарцисовидната съсенка и златистата кандилка. Най-интересното е, че се срещат видове останали от ледниковия период – като популярната сибалдия и черен емпетрум.
Животинското разнообразие е не по-малко. Присъстват типични представители на Пирин като вълк, мечка и дива коза. Най-многобройни са птиците. Най-характерните за резервата видове са кълвачите и синигерите. По скалите на припек често се срещат усойници, а в доста от езерата се среща балканската пъстърва.
Резерват Тисата
Резерват “Тисата” е създаден чрез постановление на Министерството на горите през 1949 година. Тогава носи името Тисова бърчина. По късно, през 1977 година, към площта на резервата са добавени още местности и той била преименуван с името, което носи и до сега. Целта на създаването на резервата е, най-голямото находище на дървовидна хвойна у нас.
Един от най-характерните растителни видове за резервата е обикновеният Тис (Taxus baccata). Той е застрашен и е включен в Червената книга на България. Дървото се характеризира с изключително бавния растеж. На височина достига до 30 м., а вечнозелените му иглички съдържат алкалоидът таксин (отровен както за хората, така и за животните).
На територията на Резерват Тисата са регистрирани 109 вида птици – орфеево коприварче, черноглаво коприварче, червеногушо коприварче, белочела сврака, син скален грозд и др.
Статусът на резервата е защитен. На територията му е забранена всякаква човешка дейност. Достъпът е ограничен, позволено е придвижването само по определени пътеки.
Резерват Ореляк

Резерват “Ореляк” е създаден на 22.02.1985 година със Заповед №129 на Комитета за опазване на природните среди. Общата му площ е 758,1 хектара, а общата му цел е опазването на буковите гори, характерни за тази част на страната. На територията на Резерват Ореляк се среща и така популярния Пирински чай.
Резерватът е разположен от 900 до 1800 м. надморска височина, като границата му минава по планинското било северно от вр. Ореляк. Голяма част от територията на резервата е със силно изразен наклон на склона. Скалите са мраморни.
Едни от растителните видове с най-голямо значение за региона са буковите гори. Средната им възраст е 150 години. В резервата се срещат и много видове, които са защитени – такива са пиринската мащерка и пиринската гъшарка, както и гризебахова теменуга, македонска каменоломка, шарпланинска рупа, златист равнец и др.
Въпреки малката територия, животинското многообразие е изключително голямо. Това се дължи на факта, че резерват Ореляк обхваща голяма надморска височина. Често се срещат сърна, дива свиня, вълк, кафява мечка, лисица.